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Neste How-To irei mostrar como atualizar de forma segura o MySQL 4.1 para 5 em um SO CentOS 4. Em meu caso fiz um update de MySQL 4.1 para 5.1 em um servidor dedicado hospedado no DC The Planet. Todos os dados foram backupeados e restaurados com sucesso.
Sistema Operacional
CentOS 4 / Kernel 2.6.9
Hardware
Servidor HP Xeon 3.1 Ghz Dual Core
STEP 1)
O primeiro passo é fazer um backup de todas as bases de dados que estão no servidor para um local seguro. É interessante também agendar uma data para que seus serviços fiquem offline para efetuar a atualização que irá demorar mais ou menos 1 hora;
STEP 2)
Em segundo lugar, após ter efetuado o backup das bases de dados vamos verificar quais os pacotes estão instalados em nosso servidor, para isso execute o comando abaixo:
rpm -qa |grep -i '^mysql-'
Após encontrar os pacotes é necessário desinstalar todos os pacotes do MySQL 4.1, para isso execute o comando:
rpm -e MySQL-nome-do-pacote.RPM
Caso esteja atualizando o MySQL em uma máquina do o WHM ou Cpanel é possível que você tenha problema para desinstalar o shared library do MySQL devido a uma dependência do pacote Dovecot (IMAP). Em meu caseo fui obrigado a desinstalá-lo.
STEP 3)
Agora de desinstalamos todos os pacotes do MySQL 4.1, devemos baixar e instalar os pacotes do MySQL 5.1, para isso vá até o site www.mysql.com e baixe os seguintes pacotes abaixo:
MySQL-server-community-5.1.34-0.rhel3.i386.rpm
MySQL-client-community-5.1.34-0.rhel3.i386.rpm
MySQL-shared-compat-5.1.34-0.rhel3.i386.rpm
Eles devem ser instalados conforme a sequência sugerida acima.
*OBS: Lembre-se algumas vezes é possível que você tenha problema para iniciar o MySQL devido ao socket do MySQL que foi criado anteriormente, neste caso "mate" todos os processos do MYSQL em seu servidor. Alguns outros problemas podem aparecer caso você tenha configurações pré-definidas no /etc/my.cnf, tente mover o arquivo de pasta e iniciar o MySQL.
Pronto!!! caso tenha obtido sucesso dos passos acima neste momento seu servidor MySQL deve estar atualizado. 
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